Sihtasutus Virumaa Muuseumid asutati 6.mail 2002. aastal. Asutamisdokumentidele kirjutasid alla Eesti riigi esindajana kultuurminister Signe Kivi, Rakvere linn ja Vihula vald. Virumaa Muuseumid kuulub Kultuuriministeeriumi haldusalasse.

Virumaa Muuseumid nõukogu on 5-liikmeline. Nõukogusse kuuluvad Marko Pomerants, Tõnu Seil, Marju Reismaa, Heli Kirsi ja Rene Treial. Sihtasutuse tööd juhib juhataja Ants Leemets.

Sihtasutuse Virumaa Muuseumid koosseisu kuuluvad Palmse mõis, Rakvere linnus, Rakvere näitustemaja, Rakvere Linnakodaniku Muuseum, Karepa Kalame talumuuseum, Altja kõrts ja võrgukuurid jaToolse Ordulinnus.